Die Rote Kapelle wurde im Jahr 1659 an einer Stelle errichtet, wo an einem Baum schon ein Bild der allerseligsten Jungfrau Maria befestigt war. Auftraggeberin war Gräfin Susanna Eleonora Khevenhüller von Frankenburg, geborene Gräfin Kollonitsch.
Auf dem Altar der Kapelle ist ein Wappen zu sehen. Es handelt sich um das Bischofswappen der Familie Harrach. Im Jahre 1746 berichtet der Kirchberger Pfarrer Dr. Hölzl als Dechant in einem Visitationsbericht an den Bischof, dass Kardinal Harrach an der Stelle, wo die Kapelle steht, in die eine Eiche eingemauert sei, sein wertvolles Brustkreuz verloren und wiedergefunden habe. Der Altar stammt aus der Zeit zwischen 1670 und 1680.
Es ist wahrscheinlich, dass Kardinal Harrach die Anregung zum Bau der Kapelle gegeben hat. Kardinal Ernst Albert Harrach, seit 1623 Erzbischof von Prag, seit 1626 Kardinal (mit 28 Jahren) weihte 1658 die neuerbaute Kapuzinerkirche in Waidhofen an der Thaya und wohnte bei dieser Gelegenheit im Kirchberger Schloss als Gast der genannten Gräfin Khevenhüller. Vielleicht hat er auf dem Ritt von Kirchberg nach Waidhofen tatsächlich das Brustkreuz verlorgen oder er hat einfach das Marienbild auf der Eiche gesehen, das ihn veranlasste, den Bau einer Kapelle anzuregen.
Es gibt an verschiedenen Stellen sogenannte Rote Kreuze, diese könnten auch Relikte aus vorchristlicher Zeit sein. Möglicherweise bedeutet das Wort "rot" nicht die Farbe, sondern es ist das Germanische "Rod", ein Längenmaß gemeint. Es gab auch auf den frühgeschichtlichen Wegen Orientierungszeichen. Das würde heißen, dass an der Stelle der heutigen Roten Kapelle schon vor langer Zeit eine Wegmarkierung gewesen wäre. Dieses Zeichen wurde gesucht, als der Weg noch weithin durch den Wald führte. Da sich an solchen Stellen Leute trafen, könnte eine kleine Kultstätte entstanden sein, an der später ein Marienbild befestigt wurde.
1769 wurde die Kapelle renoviert und die Wand hinter dem Altar neue aufgemauert. Wahrscheinlich, weil die dort eingemauerte Eiche vermorscht war.